முல்லைப் பெரியாறு அணை பிரச்னை தொடர்பான வழக்கு, உச்ச நீதிமன்றத்தில் நிலுவையில் உள்ளது. அணையின் நீர்மட்டத்தை 142 அடியாக உயர்த்த வேண்டும் என்ற உச்ச நீதிமன்றத்தின் இடைக்கால உத்தரவை கேரள அரசு இதுவரை அமல்படுத்தவில்லை. முல்லைப் பெரியாறு அணையின் பாதுகாப்புக்கு மத்திய தொழில் பாதுகாப்பு படையை நிறுத்த வேண்டும் என்றும், அணையின் பாதுகாப்புக்கு அச்சுறுத்தல் ஏற்பட்டு இருப்பதாக, கேரள அரசும், அரசியல்வாதிகளும் பீதி கிளப்புவதை தடுக்க உத்தரவிட வேண்டும் என்றும் தமிழக அரசு கேட்டுக்கொண்டது. அதேபோல், கேரள அரசு சார்பிலும் ஒரு மனு தாக்கல் செய்யப்பட்டுள்ளது. அதில், முல்லைப் பெரியாறு அணையின் நீர்மட்டத்தை 136 அடியில் இருந்து 120 அடியாக குறைக்க உத்தரவிட வேண்டும் என்றும், அப்போதுதான் நில நடுக்கங்களில் இருந்து அணையை பாதுகாக்க முடியும் என்றும் குறிப்பிடப்பட்டுள்ளது.