முல்லைப் பெரியாறு அணை பலவீனமாக இருப்பதால் அணையை பலப்படுத்த வேண்டும் என்று கேரளா கோரிக்கை விடுத்தது. இதையடுத்து, கடந்த 1979ம் ஆண்டு அணையின் நீர்மட்டம் 152 அடியிலிருந்து 136 அடியாகக் குறைக்கப்பட்டது. இதற்காக கேரளாவும் தமிழக அரசும் ஒப்பந்தம் செய்து கொண்டன. அணை பலப்படுத்திய பிறகு அணையின் நீர்மட்டத்தை மீண்டும் 152 அடியாக உயர்த்திக் கொள்ளலாம் என்று முடிவு செய்யப்பட்டது.
மத்திய நீர்வள ஆணையத்தின் மேற்பார்வையில் அணை மூன்று கட்டங்களாக பலப்படுத்தப்பட்டது. ஆனால், ஒப்பந்தப்படி அணையின் நீர்மட்டத்தை உயர்த்த கேரளா மறுத்து தடுத்து வந்தது. இதையடுத்து, கேரள, தமிழ்நாடு உயர் நீதிமன்றங்களில் வழக்குகள் தாக்கல் செய்யப்பட்டன. இந்த வழக்குகள் உச்ச நீதிமன்றத்துக்கு மாற்றப்பட்டன. பல ஆண்டுகள் விசாரணை நடந்தது. அணையின் பலம் குறித்து மத்திய நீர் வள ஆணையத்தின் அறிக்கையின் அடிப்படையில் அணை பலமாக இருப்பதால் நீர்மட்டத்தை 136 அடியிலிருந்து 142 அடியாக உயர்த்தலாம். பின்னர் பேபி அணையை பலப்படுத்திய பிறகு 152 அடியாக உயர்த்தலாம். இதற்கு தமிழக அரசுக்கு கேரளா முழு ஒத்துழைப்பு தர வேண்டும் என்று உச்ச நீதிமன்றம் கடந்த 2006ம் ஆண்டு பிப்ரவரியில் தீர்ப்பு வழங்கியது.
இந்த தீர்ப்பை அமல்படுத்த முடியாமல் கேரளா ஒரு சட்டத்தை இயற்றியது. இதை எதிர்த்து தமிழக அரசு உச்ச நீதிமன்றத்தை அணுகியது. இதையடுத்து, அணையின் பலம் குறித்து விரிவான ஆய்வு அறிக்கையை தாக்கல் செய்ய உச்ச நீதிமன்றத்தின் முன்னாள் தலைமை நீதிபதி ஏ.எஸ். ஆனந்த் தலைமையில் 5 பேர் குழுவை உச்ச நீதிமன்றம் நியமித்தது. இந்த குழுவில் தமிழக அரசின் பிரதிநிதியாக உச்ச நீதிமன்றத்தின் முன்னாள் நீதிபதி ஏ.ஆர்.லட்சுமணன், கேரள அரசின் பிரதிநிதியாக உச்ச நீதிமன்றத்தின் முன்னாள் நீதிபதி கே.டி. தாமஸ் ஆகியோரும் தொழில்நுட்ப நிபுணர்கள் இருவரை நீதிபதி ஆனந்த்துடன் விவாதித்து மத்திய அரசு நியமிக்க உத்தரவிட்டது. இந்த குழுவுக்கு உதவ உறுப்பினர் செயலரையும் மத்திய அரசு நியமிக்கவும், ஆய்வுக்கான செலவு முழுவதையும் மத்திய அரசே ஏற்க வேண்டும் என்றும் உச்ச நீதிமன்றம் கடந்த 2010ம் ஆண்டு பிப்ரவரி 18ம் தேதி உத்தரவிட்டது.
இதையடுத்து, நீதிபதி ஆனந்த் தலைமையிலான நிபுணர் குழு முல்லைப் பெரியாறு அணையில் நேரடியாக ஆய்வு செய்தது. இந்த குழுவினர் மத்திய நீர்வள ஆணையத்தின் மேற்பார்வையில் 8 வல்லுனர் குழுவை நியமித்து அணையில் பல்வேறு ஆய்வுகளை மேற்கொண்டது. இந்த வல்லுனர் குழுவினர் அணையின் பலம் குறித்து 2 ஆண்டுகளாக ஆய்வு செய்து 13 அறிக்கைகளை தயார் செய்தனர். அணையில் ஆழ்துளையிட்டும் ஆய்வுகள் மேற்கொள்ளப்பட்டன.
வல்லுனர் குழுக்கள் தாக்கல் செய்த ஆய்வு அறிக்கைகளை கடந்த 22, 23 ஆகிய தேதிகளில் டெல்லியில் கூடிய நீதிபதி ஆனந்த் தலைமையிலான ஐவர் குழு விரிவாக ஆய்வு செய்தது. இதன் அடிப்படையில் 8 அத்தியாயங்கள் கொண்ட 200 பக்கங்கள் கொண்ட இறுதி அறிக்கையை தயார் செய்தது. இந்த இறுதி அறிக்கையில் நீதிபதி ஆனந்த் உட்பட 5 உறுப்பினர்களும் கையெழுத்திட்டுள்ளனர்.